- Hệ quả tiêu cực:

- Đất nước Đại Việt bị chia cắt thành 2 đàng, lấy sông Gianh làm giới tuyến:

+ Đàng Ngoài: từ sông Gianh trở ra Bắc, do con cháu họ Trịnh thay nhau cai quản.

+ Đàng Trong: từ sông Gianh trở vào Nam, do con cháu họ Nguyễn truyền nối nhau cầm quyền.

- Hình thành nên cục diện “một cung vua - hai phủ chúa” (do cả hai chính quyền Trịnh, Nguyễn đều dùng niên hiệu vua Lê, đều thừa nhận quốc hiệu Đại Việt).

+ Ở Đàng Ngoài: trên danh nghĩa, vua Lê vẫn là người đứng đầu đất nước, nhưng thực tế, họ Trịnh nắm toàn quyền thống trị.

+ Ở Đàng Trong: con cháu họ Nguyễn cũng nối nhau cầm quyền, gọi là “chúa Nguyễn".

- Cuộc xung đột kéo dài giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh - Nguyễn đã làm suy kiệt sức người, sức của; tàn phá đồng ruộng, xóm làng; giết hại nhiều người dân vô tội; chia cắt đất nước và làm ảnh hưởng đến sự phát triển chung của quốc gia - dân tộc.

- Hệ quả tích cực: để củng cố thế lực, chính quyền chúa Nguyễn ở Đàng Trong đã từng bước khai phá, mở rộng lãnh thổ về phía Nam; đồng thời triển khai nhiều hoạt động thực thi chủ quyền tại quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.